2016-17’de Porto’dan kiralanan ve ilk kez o dönem Beşiktaş forması ile tanışan Aboubakar, şampiyonluk yaşayan kadronun parçası olmuş başarıya 12 gol-4 asistlik katkı vermişti. Portekiz’e döndükten 1 yıl sonra yeniden kadroya kazandırılmak istenmiş ancak para konularında sorun çıkarmıştı. Oyuncu ile yaşananları dönemin Beşiktaş Başkanı Fikret Orman, “Porto’dan 2.9 milyon Euro alıyormuş, Porto Kulübü ‘900 bin Euro’yu biz öderiz’ dedi. Aboubakar gelmek için ‘500 bin Euro daha fazla alırım’ dedi. Bu zihniyetle Beşiktaş’a gelmesini doğru bulmadık” sözleriyle ortaya koymuştu.ŞAMPİYONLUĞA GİDİLİRKEN SAKATA GELDİ 9 MAÇA ÇIKMADI
2020-21’de şampiyonluk ipini göğüsleyen Beşiktaş’ta, Aboubakar sorunu son dönemde boy göstermişti. Tecrübeli oyuncu, şampiyonluğa gidilirken, son 10 haftanın 9’unda sakatlığı nedeniyle oynamadı. 29 maça çıkan Aboubakar, 1 maç daha oynasaydı opsiyonu devreye girecekti ancak bu gerçekleşmedi. Sezon bitince de apar topar Al Nassr’ın yolunu tuttu. Aldığı yüksek kontrat teklifi nedeniyle opsiyonu devreye girmemesi için forma giymediği iddia edilmişti.HUZURU KAÇIRAN 5 OYUNCUDAN BİRİ OLDU KADRO DIŞI BIRAKILDI
Geçen yıl Aralık ayına girildiğinde Beşiktaş’ta işler iyi gitmiyor ve tarihin en kötü dönemlerinden biri geçiriliyordu. Yönetim tarafından 5 oyuncu kadro dışı bırakılırken o isimlerden biri de Aboubakar olmuştu. Kamerunlu futbolcunun takımın huzurunu bozan isimler arasında olduğu öne sürüldü. O günden sonra da ne yönetim ne de taraftarla ilişkisi düzelmedi. Zoraki oynatıldığı maçlarda sahaya çıktığında skordan bağımsız tribünlerin yoğun tepkilerine maruz kaldı.2 ŞAMPİYONLUK YAŞADI
Aboubakar, Beşiktaş formasıyla 2016-17 ve 2020-21 sezonlarında lig şampiyonluğu yaşadı. İki kez Türkiye Kupası (2021-22/2023- 24) kaldırdı. Bu sezon başında da Süper Kupa aldı. Beşiktaş’la süper Lig kariyerinde 91 maç oynadı. 45 gol-12 asiste imza attı. Toplamda ise 117 maçta 60 gol- 14 asistle oynadı.
